Carlos Eduardo teve curta passagem pelo Flamengo, chegando em 2013 e deixando o clube logo em 2014. Sua rescisão com o Mais Querido foi marcada por duras críticas. A declaração mais polêmica dita na época foi: “daqui a alguns anos, ninguém mais vai querer jogar lá”.
O comentário é repercutido até hoje na torcida do Fla, principalmente pelo fato do o Rubro-negro estar em excelente fase e ter a capacidade de realizar contratações de peso. Após o time da Gávea trazer Kenedy, Andreas Pereira e David Luiz para a equipe, torcedores recordaram das falas do jogador.
Em entrevista ao jornalista Venê Casagrande, ele comentou sobre aquela época, relevando que se arrepende pelas declarações direcionadas ao Fla.
— Eu estava de cabeça quente, um pouco chateado com algumas coisas que estavam acontecendo na época. Já pedi desculpas, o Flamengo é um clube que eu aprendi a gostar e torcer. Torço sempre pelo Flamengo. Depois do Grêmio, sou flamenguista. Me arrependo, sim, já pedi desculpas. O Flamengo é uma potencia no futebol, um dos maiores clubes do mundo. Peço desculpas por tudo que falei e me arrependo, com certeza. Peço desculpa ao Flamengo e aos torcedores, porque tenho um respeito muito grande.
Ele também contou que ainda recebe mensagens em suas redes sociais referentes às declarações feitas ao Flamengo há quase 10 anos.
— Mas, algumas coisas que eu recebo no Instagram, que meu Deus do céu, pessoas sem noção… Mas, faz parte. Estou arrependido e peço desculpas.
Carlos Eduardo foi anunciado pelo Rubro-negro em janeiro de 2013, mas sua passagem não durou muito. O jogador, contratado por empréstimo pelo período de 18 meses, deixou o Flamengo em maio do ano seguinte, retornando ao Rubin Kasan, da Rússia, equipe a qual pertencia antes de rumar ao Fla.
